W nadchodzącej wersji WinUAE autorzy zapowiadają obsługę RDB dysków z systemu 1.3. Obsługa klawiatury, myszki i joysticka korzystać będzie z DirectInput. Użytkownicy Windows 2000 i XP będą mogli założyć sobie plikopartycje większe od 2 GB (wymagany NTFS). Oprócz tego nowa wersja emulatora będzie potrafiła zamontować na starcie prawdziwe dyski amigowe, oraz partycje Amithlona.